مرتضوی به عنوان قاضی یا دادستان در محاکمه برخی روزنامهنگاران نیز نقش داشت. برخی از این فعالان مطبوعاتی در دادگاههای تجدیدنظر تبرئه و برخی دیگر نیز مجرم شناخته شدند و دوره محکومیت خود را طی کردند. عباس عبدی، ماشاالله شمسالواعظین، اگبر گنجی، احمد زیدآبادی و...